水頭碼頭位於金門的西南方，負責大小金門的船運，2002年後，隨著兩岸開放小三通，水頭碼頭開始接手小三通服務，興建水頭碼頭旅客服務中心，成為金門目前最繁忙的客運碼頭。
九宮碼頭最初建於民國63年，民國75年擴建，碼頭長40.5公尺、寬7公尺，屬於突堤碼頭，並設有浮動棧橋一座。九宮碼頭是出入小金門唯一的港口，從這裡搭渡輪到大金門的水頭碼頭，也是小金門人對外交通的唯一方法。換言之，從金門本島到小金門，首先看到的就是九宮碼頭。
九宮碼頭是一座樸實的港口，不同於其他海港的熱鬧繁華，下了渡輪便感受到小金門的純樸與實在。
九宮碼頭位居大金門水頭碼頭與小金門間的「金烈水道」的交通樞紐，過去兩岸對抗砲火猛烈時，九宮碼頭擔負許多運輸補給的任務。

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